ERSTELLT Das FFH-Gebiet „Saale-, Elster-, Luppe-Aue zwischen Merseburg und Halle“ ist beispielsweise durch Kalk-(Halb-)Trockenrasen und Steppenrasen geprägt. Hier lassen sich verschiedene besonders schützenswerte Orchideenarten ausfindig machen. Biber, Fischotter, Mopsfledermaus und das Graue Mausohr sind hier zu Hause. In den Uferzonen tummeln sich Vertreter der Rotbauchunke und des Nördlichen Kammmolches.
Das FFH-Gebiet „Leipziger Auensystem“ weist vor allem feuchte Hochstaudenflure, Brenndolden-Auenwiesen, magere Flachland-Mähwiesen, Erlen-, Eschen- und Weichholzauenwälder auf. Hier kommt der Bitterling vor, ein Karpfenfisch, der früher in großer Anzahl in der Weißen Elster auftrat, heute in der Region aber selten geworden ist. Mit einer verbesserten Durchgängigkeit des Flusslaufs ist seine Ausbreitung auch in oberläufigen Flussabschnitten zu erwarten.
Die Flusslandschaft der Weißen Elster hat eine besondere Bedeutung für die in der „Rote Liste Wirbeltiere“ des Freistaates Sachsen gelisteten Arten Baumfalke, Eisvogel, Flussuferläufer, Grauammer, Grauspecht, Halsbandschnäpper, Heidelerche, Kiebitz, Knäkente, Mittelspecht, Neuntöter, Raubwürger, Rohrweihe, Rotmilan, Schwarzmilan, Schwarzspecht, Sperbergrasmücke, Weißstorch, Wendehals, Wespenbussard, Zwergdommel und Zwergschnäpper.
Engagierten ehrenamtlichen Naturschützern ist es zu verdanken, dass einzelne Exemplare der Flussperlmuschel in den Nebenbächen der Weißen Elster bis heute überlebt haben. Der Fluss war früher eines der Gebiete mit den größten Flussperlmuschel-Vorkommen weltweit. Die etwa 10 Zentimeter große Muschel kann bis zu 100 Jahre alt werden. Zahlreiche Perlen der sächsischen Könige stammen vom Oberlauf der Weißen Elster.